システムバックアップにPartimage ってのがいいらしいよ。

Partimageでパーティションを丸ごとバックアップ
http:/www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/506partitionbackup.html

Partition Image パーティションバックアップツール

システムバックアップ(Partition Image)

あと、昔は captive ntfs ってのでNTFSマウントして、最近では ntfsmount っつーコマンドがあるらしい。

こっからqnoppix上での作業ログ

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partimage work log.

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now,for store image file,HDD partition format fat32,because knoppix can not write NTFS.
....
boot from knoppix...
$su
#umount /dev/hda1
#umount /dev/sda2 # USB-HDD. umount because mounted read only
#mount -t vfat /dev/sda2 /mnt/sda2
#partimage
....
Partition to save:.........../dev/hda1
store to /mnt/sda2/w2k-pi.img

store size 5G, will take 26minite.

...
to use IME knoopix, type Ctrl+Space.
...
うう、ようやっとKnoopixで日本語化入力ができるようになった。
linuxは普段ターミナル経由で使用しているから、サーバーコンソールでの操作に慣れません。今まさにknoopix上からpartimage を実行してNTFSのバックアップを取っているところで、操作忘れるからログってみました。
成功するといいな。
...
knoppixデフォルトでPIOらしくて40分立っても終わらない。
# hdparm /dev/hda
# hdparm -d1 /dev/hda
でDMAにするといいらしいよ。事前にな。

むー、ようやく100%doneかと思いきや"copy"とだけ画面に表示されること数分

Operation successfully finished:
Time elapsed:...58m:17sec
Speed:..........81.02 MiB/min
Data copied:....4.61 GiB

で終わりました。ほっ。ながいってばさ。

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root@1[knoppix]# hdparm -ft /dev/sda1

/dev/sda1:
Timing buffered disk reads: 4 MB in 4.25 seconds = 963.91 kB/sec
root@1[knoppix]# hdparm -ft /dev/hda1

/dev/hda1:
Timing buffered disk reads: 58 MB in 3.06 seconds = 18.94 MB/sec
root@1[knoppix]# hdparm -ft /dev/hda2

/dev/hda2:
Timing buffered disk reads: 60 MB in 3.07 seconds = 19.56 MB/sec
root@1[knoppix]# hdparm -ft /dev/sda3

/dev/sda3:
Timing buffered disk reads: 4 MB in 4.37 seconds = 938.30 kB/sec

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DMAが効いていないドライブはこんなんか。

#hdparm -d1 /dev/hda*
#hdparm -d1 /dev/sda*

は必須ですな。
...
ダメだ。別HDDにパーティションサイズ4Gから9Gでコピーしようとしたんだけど、一見コピーは成功しているっぽいんだけど起動しない。コピー自体は上手くいっていてブートローダー上の問題かもしれないけど、MBM使ってもブート=>カーソル永久点滅モード。